Hovedforskellen mellem bløddyr og leddyr er, at bløddyr er bløde hvirvelløse dyr med en eller to skaller, mens leddyr er dyr med segmenterede kroppe, parrede vedhæng og et eksoskelet.
Phylum Mollusca og Phylum Arthropoda er to vigtige hvirveldyrspyler, der inkluderer det højeste antal artsdiversitet end nogen phyla i dyreriget. På grund af denne enorme mangfoldighed har folk svært ved at klassificere dem under den korrekte phyla. Således analyserer denne artikel anatomien for hver enkelt og identificerer de strukturelle træk for at identificere forskellen mellem bløddyr og leddyr.