Hovedforskellen mellem GMO og transgen organisme er, at GMO er en organisme, der har et kunstigt ændret genom, mens den transgene organisme er en GMO, der har et ændret genom, der indeholder en DNA-sekvens eller et gen fra en anden art.
Genetisk modificeret organisme (GMO) og transgen organisme er to udtryk, vi bruger ombytteligt. Begge typer organismer har et ændret genom, der er blevet ændret kunstigt. Der er dog en lille forskel mellem GMO og transgen organisme. Selvom begge har ændrede genomer, er en transgen organisme en GMO indeholdende en DNA-sekvens eller et gen fra en anden art. Således er alle transgene organismer GMO'er, men ikke alle GMO'er er transgene.