Hovedforskellen mellem cotransport og modtransport er, at cotransport er en form for sekundær aktiv transport, der transporterer to typer molekyler samtidigt over plasmamembranen i samme retning eller modsat retning. På den anden side er modtransport en af de to former for cotransport, der transporterer to typer molekyler samtidigt i modsat retning af hinanden over cellemembranen.
Molekyler går ind og ud via cellens selektive plasmamembran. Der er flere typer proteiner, der transporterer membran. Cotransport og modtransport er to typer sekundær aktiv transport. Cotransport transporterer to forskellige typer molekyler på samme tid i en koblet bevægelse, mens modtransport eller udveksling er en type cotransport, der transporterer to typer molekyler i den modsatte retning over membranen.
