Hovedforskellen mellem genetisk afstand og fysisk afstand er typen af sekvens, der bruges til at analysere afstanden mellem to populationer af samme art. Genetisk afstand måler den genetiske divergens mellem arter eller mellem populationer inden for en art, mens fysisk afstand måler antallet af nukleotider mellem de to markører.
Genetisk afstand og fysisk afstand giver et indblik i de evolutionære forhold mellem to populationer af en art. Derfor giver afstandskort sammenkædning af populationer baseret på genetiske data. Genomsekventering og bioinformatikanalyse spiller en vigtig rolle i bestemmelsen af både genetiske og fysiske afstande.
