Hovedforskellen mellem genetisk kort og fysisk kort ligger i de teknikker, der anvendes til genomkortlægning. Når der genereres et genetisk kort, anvendes genetiske markører og genetiske loci til at studere genbindingsmønstre, mens fysisk kortlægning bruger molekylærbiologiske teknikker såsom Restriktionsfragmentlængde Polymorfisme (RFLP) og hybridiseringsteknikker.
Genetiske kort og fysiske kort viser to typer kort, der konstruerer for at vise generne i kromosomer. De involverer i genetisk diagnostik og forudsiger evolution vedrørende genomanalyse. Desuden bruger de til at analysere afstande mellem gen loci og til at analysere genpolymorfier.
