Hovedforskellen mellem glykogen og glukose er, at glykogen er et polysaccharid, der lagrer kulhydrater i dyr og svampe, mens glukose er det mest rigelige monosaccharid, der fungerer som den primære energikilde i celler.
Kulhydrater er organiske forbindelser, der er karakteriseret ved kulstof-, brint- og iltelementer. Forholdet mellem brint og ilt er 2: 1 i kulhydrater, svarende til vand. Kulhydrater er meget vigtige udbredte biologiske forbindelser, da de er den vigtigste energikilde og den strukturelle bestanddel af protoplasmaet. Generelt er kulhydrater hvide, faste og opløselige i organiske væsker undtagen visse polysaccharider. Monosaccharider er de basiske enheder af kulhydratmolekyler, og glukose er den vigtigste af disse. Glykogen er også et kulhydrat. Men det er et polysaccharid dannet af anabolismen af glukosemolekyler til et forgrenet molekyle. Både glukose og glykogen er vigtige i kroppens energiproduktion. Glukose er det vigtigste brændstof til energiproduktion, og glykogen er en type sekundær,langvarig energilagring hos dyr og svampe.