Hovedforskellen mellem protomerer og capsomerer er, at protomerer er strukturelle enheder af oligomere proteiner, mens capsomerer er individuelle proteiner sammensat af protomerer, som er strukturelle underenheder af det virale kapsid.
En virus er en intracellulær obligat parasit, som er en infektiøs partikel. Capsid er en af de to hovedkomponenter i en viruspartikel. Det er et proteincoat, der omgiver og beskytter virusgenomet. Et kapsid består af protomerer, som er de strukturelle enheder af oligomere proteiner. Capsomer er en strukturel underenhed af det virale kapsid, og det er en sammenlægning af flere protomerer som en enhed. Således samles protomerer selv for at danne en capsomere, og capsomeres samles selv for at danne et capsid.
