Hovedforskellen mellem poriner og aquaporiner er, at poriner er vandfyldte porer og kanaler, der findes i membranerne af bakterier og eukaryoter. I mellemtiden er aquaporiner membranproteiner, der danner vand-selektive kanaler i levende celler.
Forskellige molekyler går ind og ud af cellen på tværs af plasmamembranen i levende organismer. Der er således forskellige membranproteiner i plasmamembranen for at opretholde og regulere molekylerne, der kommer ind og ud fra cellerne. Poriner og aquaporiner er to sådanne typer af membranproteiner. Af disse er porinerne vandfyldte porer, der letter transporten af hydrofile molekyler gennem membranen. I mellemtiden er aquaporiner vandselektive kanaler, der specifikt tillader vand at passere frit gennem membranen.
