Hovedforskellen mellem RQ og RER er, at RQ er en direkte måling taget fra blodet og RER i en indirekte måling taget gennem åndedrættet.
Kalorimetri måler den mængde varme, der frigøres fra stofskifte eller energiforbrug. Metabolisme har brug for ilt, og det producerer kuldioxid. Respiratorisk kvotient (RQ) og Respiratory exchange ratio (RER) er to kalorimetri-målinger, der er ens. Imidlertid er RQ en direkte måling taget fra blodet. Det er den metaboliske udveksling af gasforhold, der er lig med CO 2 -produktion over iltoptagelse (CO 2 / O 2). RER er en indirekte måling målt gennem åndedrættet. Derfor er RQ en invasiv metode, mens RER er en ikke-invasiv metode.