Hovedforskellen mellem differentiering og morfogenese er, at differentiering beskriver, hvordan celler bliver specialiserede for at udføre unikke funktioner, mens morfogenese beskriver udviklingen af formerne for levende organismer.
Flercellede organismer begynder deres liv fra en celle, danner enten en spore eller en zygote. Derfor er celledifferentiering og morfogenese to forskellige og store processer, der opstår under udviklingen af en multicellulær organisme. Differentiering er processen med at danne forskellige specialiserede celletyper. Det fører til modning af celler og væv, der udfører specifikke funktioner for en organisme. På den anden side er morfogenese processen med at udvikle forskellige former for levende organismer. Det bestemmer formen på celler, væv, organer eller organismer.
