Hovedforskellen mellem Apicomplexia og Ciliophora er, at Apicomplexia er en subphylum af protozoer og inkluderer organismer med et apicalt kompleks, mens Ciliophora er en anden subphylum af protozoa, der inkluderer organismer med cilia.
Protozoer er en af de to store grupper, der tilhører Kongeriget Protista. Den anden gruppe er alger. Protozoer er encellede dyr som eukaryote organismer. De tilhører fire klasser: Sarcodina (amoebae), Ciliophora (ciliates), Zoomastigophora (flagellates) og Apicomplexa. Apicomplexia har en struktur kendt som et apicalt kompleks, mens Ciliophora-medlemmer har tusindvis af cilia på overfladen af organismen.
