Hovedforskellen mellem F-plasmid og R-plasmid er, at F-plasmid er et ekstrakromosomalt DNA, der indeholder gener, der koder for fertilitetsfaktor. I mellemtiden er R-plasmid et ekstrakromosomalt DNA, der indeholder gener, der koder for resistensen mod antibiotika.
Et plasmid er et lille cirkulært dobbeltstrenget DNA til stede i bakterier. De er ekstrakromosomalt DNA og er i stand til selvreplikation. De bærer gener, der er nødvendige for deres selvreplikation og vedligeholdelse. Udover at indeholde de gener, der er nødvendige for selvreplikation, indeholder plasmider også adskillige andre nødvendige gener til kodning af særlige træk, såsom antibiotikaresistens, nedbrydning af makromolekyler, tungmetaltolerance, produktion af bakteriociner, overførsel af gener osv., Som er gavnligt for bakterier.
Desuden er der et stort udvalg af plasmider. R-plasmider og F-plasmider er to typer blandt dem. F-plasmid er et fertilitetsplasmid, der er i stand til at konjugere og producere sexpili. R-plasmid er et resistensplasmid, der er i stand til at tilvejebringe resistens mod antibiotika og visse bakterievækstinhibitorer.