Hovedforskellen mellem Watson og Crick og Hoogsteen baseparring er, at Watson og Crick's baseparring er den standard måde, der beskriver dannelsen af basepar mellem puriner og pyrimidiner. I mellemtiden er Hoogsteen-baseparring en alternativ måde at danne basepar, hvor purinen tager en anden konformation med hensyn til pyrimidin.
Et nukleotid har tre komponenter: en nitrogenholdig base, et pentosesukker og en phosphatgruppe. Der er fem forskellige nitrogenholdige baser og to pentosesukker involveret i strukturen af DNA og RNA. Når disse nukleotider danner en nukleotidsekvens, danner komplementære baser, enten puriner eller pyrimidiner, hydrogenbindinger imellem dem. Dette er kendt som baseparring. Derfor dannes et basepar ved at forbinde to nitrogenholdige baser ved hjælp af hydrogenbindinger. Watson og Cricks baseparring er den klassiske eller standardmetode, mens Hoogsteen-baseparring er en alternativ måde at danne basispar på.
