Hovedforskellen mellem hnRNA og mRNA er, at hnRNA er det ubehandlede for tidlige mRNA-transkript, der indeholder introner, mens mRNA er det behandlede RNA, der ikke indeholder introner.
Der er forskellige typer RNA, og hnRNA og mRNA er to typer af dem. Heterogent nukleart RNA, også kendt som præ-mRNA, er en type primær transkription produceret inde i kernen. Når præ-mRNA er lavet, behandles det posttranskriptionelt til funktionelt mRNA, som kan oversættes til et protein i cytoplasmaet. Derfor syntetiseres hnRNA ud fra en DNA-skabelon, og det er et nydannet RNA inden behandling. mRNA er RNA-sekvensen, der bærer den genetiske information for at producere et protein. Det er en form for RNA efter behandling. Desuden bærer mRNA genetiske kodoner fra DNA'et i kernen til ribosomerne til proteinsyntese.
