Hovedforskellen mellem synteny og kollinearitet er, at synteny er den fysiske co-lokalisering af genetiske loci på det samme kromosom i arter, mens collinearitet er den fysiske co-lokalisering af genetiske loci på det samme kromosom i forskellige arter, der bevarer den samme rækkefølge.
Synteny og kollinearitet er to udtryk, der bruges ombytteligt i genomik. Begge udtryk beskriver genlokaliseringsmønstre på kromosomer i forskellige arter. Disse relaterede genarrangementer blandt taxaerne er værdifuld information, når de udleder fælles forfædre af gener. Synteny henviser til den fysiske co-lokalisering af genetiske loci på det samme kromosom i arter. Kollinearitet henviser til den fysiske co-lokalisering af genetiske loci på det samme kromosom i forskellige arter, der bevarer den samme rækkefølge. Derfor er det en form for syntese.
