Hovedforskellen mellem det første og det andet messenger-system er, at det første messenger-system henviser til de ekstracellulære signalmolekyler, mens det andet messenger-system henviser til de intracellulære signalmolekyler.
Første og andet messenger-system består af forskellige typer signalmolekyler. Første budbringere er ekstracellulære molekyler, ofte hormoner eller neurotransmittere. I modsætning hertil er anden budbringere intracellulære molekyler, der transmitterer signaler fra cellemembranreceptorer til mål inden i cellen. Cellesignaliseringsprocessen starter, når signalmolekylet (ligand) binder med receptoren for en celle. Denne binding ændrer det intracellulære domæne af receptoren, som udløser intracellulær signalveje.
