Hovedforskellen mellem CDS og cDNA er, at CDS eller kodende sekvens er den del af et transkript, der faktisk er oversat til protein, mens cDNA-sekvens er en DNA-sekvens afledt af mRNA'et ved omvendt transkription.
Et gen er en nukleotidsekvens, der koder for et protein. Den består af forskellige regioner som promotorregion, transkriptionsinitieringssted, exons, startkodon, introner og stopkodon. Derfor har et gen både kodende og ikke-kodende sekvenser. Kodningssekvenser eller CDS henviser til eksoner og to kodoner, som er startkodon og stopkodon. Det er sekvensen, der faktisk oversættes til et protein. I modsætning hertil er cDNA en DNA-sekvens afledt af mRNA'et ved omvendt transkription.
