Hovedforskellen mellem DNA og cDNA er, at DNA'et indeholder både exoner og introner, mens cDNA kun indeholder exoner.
DNA og cDNA er to typer nukleinsyrer, der består af deoxyribonukleotider. DNA er en af de vigtigste makromolekyler i levende organismer, der danner genomet. Genomet indeholder den generelle genetiske information om en organisme. Det udgør forskellige typer sekvenser inklusive exoner, der er kodende sekvenser og introner, der er ikke-kodende sekvenser. På den anden side er cDNA eller komplementært DNA en anden form for DNA, der kunstigt syntetiseres fra mRNA-molekyler af forskerne. Da cDNA stammer fra mRNA-skabeloner, indeholder den ikke ikke-kodende sekvenser eller introner.