Hovedforskellen mellem startkodon og stopkodon er, at startkodon er trinukleotidsekvensen, som markerer begyndelsen på den sekvens, der oversættes til et protein, mens stopkodon er trinukleotidsekvensen, som markerer slutningen af sekvensen, der oversættes til et protein.
Genets genetiske kode indeholder den instruktion, der er nødvendig for at fremstille et specifikt protein. Den indeholder trinukleotidsekvenser, der er kendt som kodoner. Hver kodon specificerer en aminosyre. Aminosyrer er byggestenene i et protein. Genetisk kode for hvert gen starter med et startkodon og slutter med et stopkodon. Derfor markerer startkodon det sted, hvor oversættelse til protein begynder. Stop codon markerer derimod det sted, hvor oversættelse til protein slutter. Derfor kan vi identificere disse to kodoner som to tegnsætningstegn i den genetiske kode. Begge er specifikke trinukleotidsekvenser.
