Hovedforskellen mellem epistase og pleiotropi er, at epistasis er det fænomen, hvor et gen på et sted ændrer den fænotypiske ekspression af et gen på et andet sted, mens pleiotropi forklarer fænomenet, hvor et enkelt gen påvirker flere fænotypiske træk.
Epistase og pleiotropi er to fænomener i genetik. Epistase opstår, når mere end et gen bestemmer en enkelt fænotype. Derfor påvirker et gen i epistase ekspressionen af et andet gen placeret på et andet sted. I modsætning hertil opstår pleiotropi, når et gen bestemmer flere fænotyper. Derfor bidrager et gen til flere karakteristika. Både epistase og pleiotropi er variationer af Mendelian Arv.
