Nøgleforskel - Exome vs RNA-sekventering
Nukleinsyresekventering er den teknik, der bestemmer rækkefølgen af nukleotider i et bestemt fragment af DNA eller RNA i en organisme. Sekventering er vigtig for at identificere DNA- og RNA-sammensætningen af cellen og skelne visse gener, der koder for funktionelle proteiner; således kan sekventering bruges til at forstå mutationerne af disse gener og genekspressioner. Sanger-sekventeringsmetode eller de mere avancerede næste generations sekventeringsmetoder er de sekventeringsmetoder, der almindeligvis anvendes. Exome-sekventering er sekventeringen af det komplette sæt af exoner eller kodende DNA-regioner, der er til stede i en organisme, mens RNA-sekventering er sekventeringsproceduren for ribonukleinsyrer (RNA). Dette er nøgleforskellen mellem exome og RNA-sekventering.
INDHOLD
1. Oversigt og
nøgleforskel 2. Hvad er exomsekventering
3. Hvad er RNA-sekventering
4. Ligheder mellem exome og RNA-sekventering
5. Sammenligning side om side - Exome vs RNA-sekventering i tabelform
6. Resumé
Hvad er Exome-sekventering?
Exome er en delmængde af genomet, som består af de kodende gener for en bestemt organisme. Kodende gener benævnes som exoner og transskriberes til mRNA og oversættes derefter til aminosyresekvenser. Under posttranskriptionelle ændringer fjerner RNA-splejsmekanisme i eukaryoter intronerne (ikke-kodende regioner), og exonerne forbliver. Der er to hovedteknikker, hvor exome-sekventering udføres: løsningsbaseret og arraybaseret.
I opløsningsbaseret eksomsekventering fragmenteres DNA-prøver ved anvendelse af enten restriktionsenzymer eller mekanisk metode og denatureres ved varme. I denne teknik anvendes biotinylerede oligonukleotidprober (lokkemad) til selektiv hybridisering med målregioner i genomet. Magnetiske streptavidinperler anvendes til bindingstrinet. Binding efterfølges af et vasketrin, hvor de ubundne og ikke-målrettede sekvenser skylles væk. De bundne mål amplificeres derefter ved anvendelse af Polymerase Chainreaktion (PCR) og sekventeres derefter ved anvendelse af Sanger-sekventering eller Next Generation-sekventeringsteknikker.
Figur 01: Exome-sekventering
Arraybaseret metode svarer også til den opløsningsbaserede metode, bortset fra at DNA-fragmenter fanges i et mikroarray, og derefter følger binding og vasketrin inden de sekventeres.
Exome-sekventering bruges i mange applikationer, såsom genetisk diagnose af sygdomme, i genterapi, til identifikation af nye genetiske markører, i landbruget til at identificere forskellige gavnlige agronomiske træk og i planteopdrætsprocedurer.
Hvad er RNA-sekventering?
RNA-sekventering er baseret på transkriptomet, som er cellens komplette transkripter. De vigtigste mål for RNA-sekventering er at katalogisere alle arter af transkriptet, herunder mRNA, ikke-kodende RNA og lille RNA, for at bestemme transkriptionsstrukturen af gener og for at kvantificere ekspressionsniveauerne for hvert transkript under udvikling. Under RNA-sekventering blev hybridiseringsteknologier (som var komplementært DNA afledt af modne mRNA-sekvenser) oprindeligt anvendt til sekventering. På nuværende tidspunkt anvendes en mere nøjagtig og en avanceret gennemgående teknik til RNA-sekventering.
Figur 02: RNA-sekventering
I RNA-sekventering omdannes en prøve af RNA, som kan være total RNA eller fraktioneret RNA, til dets komplementære DNA (cDNA) ved anvendelse af omvendt transkription, og der fremstilles et cDNA-bibliotek. Hvert cDNA-fragment er bundet til adaptere på begge sider (par-end-sekventering) eller på den ene side (single-end-sekventering). Disse taggede sekvenser sekventeres ved hjælp af Sanger-sekventering eller næste generation, som exome-sekventering.
Hvad er ligheden mellem Exome og RNA-sekventering?
- Kort udvalgte fragmenter eller hele sættet af DNA / RNA kan bruges til Exome- eller RNA-sekventering.
- Sekventerede fragmenter bevares i bibliotekerne.
- Sanger-sekventering eller Next Generation-sekventering kan bruges.
- Begge er in vitro-sekventeringsmetoder.
- Sekventerede fragmenter kan bestemmes af fluorescerende tags.
Hvad er forskellen mellem exome og RNA-sekventering?
Diff artikel midt foran bordet
Exome vs RNA-sekventering |
|
| Exome-sekventering er sekventeringen af det komplette sæt exoner eller kodende DNA-regioner, der er til stede i en organisme. | RNA-sekventering henviser til sekventeringsproceduren for ribonukleinsyrer (RNA); transkriptomet. |
| Starter prøve | |
| Genomisk DNA er startprøven på exome-sekventering. | RNA er startprøven af RNA-sekventering. |
| Sammensætning | |
| Dette indeholder kun kodende regioner af det samlede DNA kendt som Exons | Dette indeholder RNA-mRNA / transkriptom. |
| Sekventering | |
| Der er to hovedmetoder til exome-sekventering; løsningsbaserede og array-baserede teknologier. | RNA-sekventering udføres via fremstillingen af et cDNA-bibliotek ved ekstraktion af det totale RNA eller fragmenteret RNA. |
Resume - Exome vs RNA-sekventering
Exome er det komplette sæt af kodende regioner i en organisme, og de teknikker, der er involveret i bestemmelsen af den nøjagtige nukleotidrækkefølge af Exome, er kendt som exomsekventering. RNA-sekventering er teknikken involveret i bestemmelsen af nukleotidrækkefølgen af en organisms RNA. Dette er forskellen mellem exome og RNA-sekventering.
Download PDF-version af Exome vs RNA-sekventering
Du kan downloade PDF-version af denne artikel og bruge den til offlineformål som pr. Citatnote. Download venligst PDF-version her Forskellen mellem exome og RNA-sekventering
