Nøgleforskel - Proteomics vs Transcriptomics
Den omiske teknologi er en aktuel tendens, hvor de forskellige biomolekyler i en organisme betragtes som en hel samling med hensyn til dens egenskaber og funktioner. Den omiske teknologi har en bred vifte af applikationer. De forskellige omics i en biologisk prøve inkluderer genomics, proteomics, transcriptomics og metabolomics. Proteomics involverer den komplette undersøgelse af alle proteiner i en levende organisme. Det er defineret som sættet af alle udtrykte proteiner i en organisme, dets strukturelle og funktionelle egenskaber. Det komplette sæt proteiner danner derfor proteomet. Transcriptomics er den komplette undersøgelse af alle messenger RNA (mRNA) molekyler til stede i en levende organisme. Transkriptomik beskæftiger sig således med de gener, der udtrykkes aktivt i en levende organisme. Det samlede sæt mRNA i en levende organisme kaldes transkriptomet. Hovedforskellen mellem Proteomics og Transcriptomics er baseret på typen af biomolekyle. I proteomics undersøges det samlede sæt udtrykte proteiner i en levende organisme, mens i transcriptomics undersøges det samlede mRNA for en levende organisme.
INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er Proteomics
3. Hvad er Transcriptomics
4. Ligheder mellem Proteomics og Transcriptomics
5. Sammenligning side om side - Proteomics vs Transcriptomics i tabelform
6. Resumé
Hvad er Proteomics?
Udtrykket proteomics blev opfundet i 1995 og blev oprindeligt defineret som det totale proteinkomplement i en celle, væv eller en organisme. Med fremskridt inden for proteomiske undersøgelser blev det derefter modificeret til at blive betragtet som et paraplyudtryk, hvor mange undersøgelsesfelter var inkluderet. I øjeblikket undersøges strukturen, orienteringen, funktionerne, dens interaktioner, dens modifikationer, dens applikationer og vigtigheden af proteiner under emnet proteomik. Derfor udføres der for tiden meget forskning inden for proteomik.
De første proteomiske undersøgelser blev udført for at identificere proteinindholdet i Escherichia coli. Kortlægningen af det samlede proteinindhold blev udført under anvendelse af todimensionelle (2D) geler. Efter succesen med dette gik forskere over til at karakterisere det samlede proteinindhold i dyr som marsvin og mus. På nuværende tidspunkt udføres kortlægning af humant protein ved hjælp af 2D-gelelektroforese.
Anvendelser af Proteomics
Der er mange fordele ved at studere proteomics, da proteiner er de styrende molekyler for det meste af aktiviteten på grund af proteins katalysatoregenskaber. Studiet af hele proteiner kan således give information om en organisms sundhedsstatus. Nogle applikationer er;
- Genomkommentar: Ved at undersøge proteinindholdet i en organisme kan de nøjagtige genomer, der er ansvarlige for den aktive proteinforbindelse, bestemmes. I dette scenarie er resultater fra al genomik, Transcriptomics og proteomics vigtige.
- Sygdomsidentifikation / -diagnostik: Proteomics anvendes til identifikation af sygdomstilstanden ved at sammenligne de raske og de syge
- At udføre proteinekspression undersøgt under eksperimentering.
- Proteinmodifikationer og interaktionsundersøgelser: For at anvende proteiner in vitro-betingelser eller in vivo-betingelser skal man bestemme opbevaringsbetingelserne for disse ekstraherede proteiner og studere proteinets opførsel in vitro-, in vivo- og in-silico-metoder.
Figur 01: Proteomics
Der er forskellige teknikker involveret i proteomik
- Ekstraktion af det totale protein og adskillelse af proteinerne ved hjælp af 2D gelelektroforese. Proteiner kan også adskilles ved hjælp af højtydende væskekromatografi (HPLC).
- Sekventering af de ekstraherede proteiner ved hjælp af fremgangsmåder såsom Edmunds sekventeringsmetode eller massespektrometri.
- Når sekvenserne er identificeret, analyseres strukturelle og funktionelle egenskaber ved proteinindholdet ved hjælp af computerbaseret software og bioinformatikværktøjer.
Hvad er Transcriptomics?
Transkriptomudtrykket er opfundet for nylig. Transcriptomics er undersøgelsen af det totale mRNA-indhold i en organisme. Det samlede mRNA er det udtrykte DNA i en levende organisme eller en celle. Den komplette samling af mRNA kaldes et transkriptom.
Trinene mod analyse af transkriptomet inkluderer,
- Ekstraktion af RNA, adskillelse af mRNA ved anvendelse af kolonnegelkromatografi med poly-DT-perler.
- Sekventeringen af mRNA'et er udført.
Microarray-teknologi er en almindelig måde at identificere transkriptionen af en organisme på. Microarray-teknikken involverer en probe-plade med transkriptoms komplementære tråde. Efter hybridisering kan det mRNA, der er til stede i organismen eller cellerne, karakteriseres.
Figur 02: Transkriptomiske teknikker
Transcriptomics er nu meget brugt inden for det medicinske område. Diagnose af sygdomme og profilering af sygdomme er hovedfelter, hvor Transcriptomics bruges. Ved at analysere et transkriptom af en organisme kan fremmed mRNA identificeres, og hvis der er infektioner, kan den identificeres. Det ikke-kodende RNA kan separeres ved hjælp af transkriptomiske teknologier. Og også ekspressionen af gener under forskellige miljøbelastninger kan overvåges.
Hvad er ligheden mellem Proteomics og Transcriptomics?
- Begge er en del af begrebet omisk teknologi.
- Begge bruges til sygdomsdiagnostik og sygdomskarakterisering af en organisme.
- Begge undersøgelsesområder involverede ekstraktion af biomolekylet, adskillelse af biomolekylet og sekventeringstrin.
Hvad er forskellen mellem Proteomics og Transcriptomics?
Diff artikel midt foran bordet
Protemics vs Transcriptomics |
|
| Proteomics involverer den komplette undersøgelse af alle proteiner i en levende organisme. | Transcriptomics er den komplette undersøgelse af alle messenger RNA (mRNA) molekyler til stede i en levende organisme. |
| Studerede biomolekyltype | |
| Proteiner undersøges i proteomics. | mRNA undersøges i transkriptomik. |
| Faktorer studeret | |
| Struktur, funktion, interaktioner, modifikationer og anvendelser af proteinerne undersøges i proteomik. | Sekvensstruktur, interaktioner med miljø og anvendelser af mRNA undersøges i transkriptomik. |
Resumé - Proteomics vs Transcriptomics
Omics spiller en vigtig rolle inden for biovidenskab. Proteomics refererer til undersøgelsen af proteomet, som danner den komplette samling af proteiner i en celle eller en organisme. Transcriptomics refererer til undersøgelsen af transkriptomet, som er det komplette sæt af udtrykt DNA, der er i form af mRNA. De to undersøgelsesområder, proteomics og transcriptomics, blev afledt efter introduktionen af genomics og anvendes i øjeblikket bredt inden for medicinsk diagnostik og i karakterisering og screening af organismer. Dette er forskellen mellem proteomics og transcriptomics.
Download PDF af Proteomics vs Transcriptomics
Du kan downloade PDF-versionen af denne artikel og bruge den til offlineformål som pr. Citatnote. Download venligst PDF-versionen her: Forskellen mellem Proteomics og Transcriptomics
