Hovedforskellen mellem flussyre og saltsyre er, at flussyre er en svag syre, mens saltsyren er en stærk syre. Flussyre er også i stand til at danne hydrogenbindinger, mens saltsyren ikke er i stand til at danne hydrogenbindinger.
Desuden er en anden vigtig forskel mellem flussyre og saltsyre i deres molekylære struktur. Flussyre-molekylet har en fluoridion, mens saltsyremolekylet har en chloridion. Yderligere er både flussyre og saltsyre protondonorer. Derfor kan disse syremolekyler ionisere i vandige medier, der frigiver protoner (H +). Disse protoner forårsager surheden i det vandige medium.
