Hovedforskellen mellem allel og locus er, at allelen henviser til en af de to eller flere alternative sekvenser af et gen på et bestemt locus, mens locus refererer til en bestemt placering på et kromosom, hvor et gen kan findes.
I form af gener arver genetisk information fra forældre til afkom. Gener er de specifikke nukleotidsekvenser placeret i kromosomerne. Mange gener kan findes i genomet i en organisme. Deres arrangement i genomet er præcist, og placeringen af genet kan let findes ved hjælp af en genetisk markør. Desuden kan et bestemt gen have forskellige versioner, som vi navngiver som alleler. Den specifikke placering af et gen i kromosomet er også meget vigtig, og vi kalder det et locus.
