Hovedforskellen mellem allel og genotype er, at allelen er en af variantformerne af et gen placeret på det samme genetiske sted i et kromosom, mens genotypen er den genetiske sammensætning af et bestemt træk.
Genetik er studiet af gener og arvelige mønstre i organismer. Kromosomer er strukturer, der indeholder en organisms genetiske information. Derfor er der i eukaryoter et specifikt antal kromosomer til stede i genomet. Hvert kromosom har tusinder af gener, der er specifikke regioner i kromosomerne. Faktisk er gener strukturelle enheder i genetik, der gemmer genetisk information til at producere proteiner. Hvert gen har to kopier, der stammer fra hver forælder.
Tilsvarende er en allel en variant af et gen eller en form af et gen. Desuden har hvert gen to former af alleler, der bestemmer karakteristikken kodet af genet. Derfor er genotype den genetiske sammensætning af en organisme, der bestemmes af fordelingen af alleler i forskellige gener.
