Hovedforskellen mellem resonans og mesomer effekt er, at resonansen er et resultat af interaktion mellem ensomme elektronpar og bindingselektronpar, mens den mesomere effekt resulterer på grund af tilstedeværelsen af substituentgrupper eller funktionelle grupper.
De to kemiske begreber resonans og mesomer effekt bestemmer den nøjagtige kemiske struktur af et organisk molekyle. Resonansen opstår i molekyler med ensomme elektronpar på ethvert af atomerne i molekylet. Den mesomere effekt opstår, hvis et molekyle har substituenter eller funktionelle grupper. Begge disse fænomener er almindelige i organiske molekyler.
