Hovedforskellen mellem kimlinjemutation og somatisk mutation er, at kimlinjemutationen arver til afkom, mens somatisk mutation ikke er iboende for afkom.
DNA er arvematerialet i de fleste levende organismer. Mutation er en permanent ændring af nukleotidsekvensen af et DNA-fragment eller et gen. Forskellige typer af mutationer forekommer i levende organismer. Blandt dem er somatiske mutationer og kimlinjemutationer to hovedtyper. Somatiske mutationer forekommer i enkeltlegemsceller, mens kimlinjemutationer forekommer i kønsceller. Når somatisk mutation finder sted i en enkelt kropscelle, påvirker den kun det væv, der stammer fra den muterede celle. I modsætning hertil påvirker alle kropsceller, når kimlinjemutationen finder sted. Den største forskel mellem kimlinjemutation og somatisk mutation er muligheden for, at disse mutationer passerer ind i afkom eller ej.