Hovedforskellen mellem coenzym og cofaktor er, at co-enzymerne er organiske molekyler, mens cofaktorerne kan være enten organiske eller uorganiske molekyler.
Enzymer er essentielle biologiske makromolekyler. De er de biologiske katalysatorer, hvilket øger hastigheden af biologiske reaktioner under meget milde forhold. Desuden er enzymer proteiner; når de således udsættes for et højt niveau af varme, saltkoncentrationer, mekaniske kræfter, organiske opløsningsmidler og koncentreret syre eller baseopløsninger, har de tendens til at denaturisere. Nogle gange har enzymer brug for understøttelsen af et andet molekyle eller en ion for at have den specifikke funktion. Koenzymer og cofaktorer er sådanne molekyler.
