Hovedforskellen mellem stofskifte og fordøjelse er, at stofskifte er det komplette sæt biokemiske reaktioner, der finder sted i en organisme, mens fordøjelsen er nedbrydningen af store uopløselige fødevaremolekyler i små molekyler, der kan absorberes i blodbanen.
Både stofskifte og fordøjelse er vigtige processer, der forekommer i levende organismer. Som nævnt ovenfor henviser metabolisme til hele det sæt kemiske og fysiologiske reaktioner, der forekommer i en levende organisme, inklusive dyrene og planterne. Fordøjelsen, som er nedbrydningen af mad, er også en del af stofskiftet.
