Hovedforskellen mellem proton og elektron er, at proton er en subatomær partikel, der findes i en atomkerne, hvorimod elektroner er partikler, der kredser om kernen.
Atomer er byggestenene til alle eksisterende stoffer. Et atom indeholder en kerne, der har protoner og neutroner. Elektroner cirkler omkring kernen i orbitaler. Derudover er der andre små subatomære partikler i kernen. Det meste af rummet i et atom er tomt. De attraktive kræfter mellem den positivt ladede kerne (positiv ladning på grund af protoner) og de negativt ladede elektroner opretholder atomets form.
