Hovedforskellen mellem notochord og rygsøjle er, at notochord er en fleksibel stavlignende struktur, der understøtter nervevævet i nedre akkordater, mens rygsøjlen er en struktur, der indeholder 33 ryghvirvler, der løber fra kraniet op til bækkenet i hvirveldyr højere chordat dyr.
Både notokord og rygsøjle er træk ved akkordater. Disse to strukturer strækker sig fra hovedet op til halen i den dorsale region af kroppen. Desuden deltager begge i forskellige funktioner og spiller nøgleroller i kroppen. Således fremhæver denne artikel forskellen mellem notochord og vertebral column.