Hovedforskellen mellem homozygot og heterozygot er, at homozygot betyder, at begge alleler er ens for et træk, mens heterozygot betyder, at de to alleler er forskellige for et træk.
Genene arvet fra forældrekromosomerne styrer alle karakterer eller træk hos dyr, planter og alle andre levende væsener. Det er hovedårsagen til at vise forældrenes egenskaber i afkom. De fleste eukaryote organismer har to sæt gener kendt som maternelle gener og faderlige gener. Derfor er den genetiske situation kendt som diploid (to sæt kromosomer). Det betyder; alle træk har genetiske komponenter fra både mor og far. Imidlertid kunne disse gener være enten dominerende eller recessive over hinanden, og det er her homozygote og heterozygote egenskaber bliver vigtige. Homozygot er en tilstand af at have to dominerende alleler (AA) eller to recessive alleler (aa), mens heterozygot er en tilstand af at have en dominerende allel og en recessiv allel (Aa).
