Hovedforskellen mellem anammox og denitrifikation er, at anammox henviser til anaerob ammoniumoxidation, som omdanner ammonium og nitrit til nitrogengas under anoxiske forhold. I mellemtiden, mens denitrifikation er den biologiske omdannelse af nitrat til N 2 ved denitrificerende bakterier.
Kvælstofkredsløbet er en vigtig stofkredsløb hvor nitrogen omdannes til forskellige kemiske former såsom NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -osv. Der er fire hovedprocesser set i nitrogencyklussen. De er fiksering, ammonifikation, nitrifikation og denitrifikation. Mange af disse processer udføres af mikroorganismer, især bakterier i jorden. Anammox er en af de seneste tilføjelser til kvælstofcyklussen. Det er processen med anaerob ammoniumoxidation. En bestemt gruppe af bakterier kendt som planctomycetes udfører denne proces. De har en speciel organel kaldet anammoxosomes, som giver stedet for anammox-reaktion. Men i sidste ende producerer både denitrifikation og anammox kvælstofgas.
