Nøgleforskellen mellem tilfældig og præget X-inaktivering er, at tilfældig X-inaktivering er inaktivering af et faderalt eller maternelt X-kromosom med lige sandsynlighed i løbet af gastrulationstiden i epiblasten, mens imprintet X-inaktivering er en ikke-tilfældig X-inaktivering af den paternalt afledte X kromosom i pattedyrs ekstraembryoniske væv.
X-inaktivering er en proces, der ses hos pattedyr hos kvinder. Generelt har kvinder to X-kromosomer. Og hos kvindelige pattedyr bliver et X-kromosom inaktivt. Med andre ord bliver et X-kromosom en transkriptionelt inaktiv struktur. Når dette først er sket, forbliver dette særlige X-kromosom inaktivt gennem hele cellens levetid og dens efterkommere i organismen. Desuden kondenserer det inaktiverede X-kromosom til en kompakt struktur kaldet en Barr-krop, og den holdes stabilt i en tavs tilstand. X-inaktiveringsprocessen afhænger også af styringen af to ikke-kodende komplementære RNA'er. X-inaktivering sker dog ikke hos mænd, der kun har et X-kromosom. Desuden kan X-inaktivering forekomme tilfældigt eller på grund af indprentning.
