Hovedforskellen mellem cilia stereocilia og microvilli er, at cilia er små hårlignende strukturer sammensat af mikrotubuli, mens stereocilia er bundter af hårlignende fremspring sammensat af actinfilamenter og microvilli er folder af cellemembraner sammensat af actinfilamenter.
Cilia, stereocilia og microvilli kan fremstå som lignende strukturer, når de observeres udefra. Men de er strukturelt og funktionelt forskellige fra hinanden. De er hårlignende strukturer, der er mikroskopiske. Desuden er de proteinfibre, der strækker sig udad fra cellerne.
