Hovedforskellen mellem flagella og cilia er, at flagella er lange og er til stede i en til otte pr. Celle, mens cilia er korte og findes i hundreder pr. Celle.
Cilia og Flagella er små strukturer, der er knyttet til eukaryote og prokaryote celler. De stikker ud fra overfladen af deres celler. Disse strukturer hjælper med bevægelse af encellede organismer. Følgelig indeholder de hovedsageligt proteiner kaldet mikrotubuli eller basale kroppe. I tilfælde af encellede eukaryote organismer er både cilia og flagella afgørende for bevægelse. På den anden side hjælper fliser og flagella i flercellede organismer med bevægelse af væsker og andre materialer langs legemsrørene, mens de udfører funktionen til at flytte en celle eller en gruppe celler. Der er dog en vis forskel mellem flagella og cilia; især adskiller de sig fra hinanden efter længde, størrelse, udseende og type celler, som de er knyttet til.
