Nøgleforskel - Blunt vs Sticky End Ligation
Restriktionsendonukleaser er specifikke enzymer, der skærer dobbeltstrenget DNA (dsDNA). De er også kendt som molekylær saks i molekylærbiologi. Restriktionsenzymer er i stand til at genkende specifikke korte sekvenser af dsDNA kendt som genkendelsessteder og spalter phosphodiester- og hydrogenbindinger for at åbne dobbeltstrenge. Som et resultat af spaltning af disse enzymer produceres DNA-fragmenter med forskellige typer ender såsom klæbrige ender og stumpe ender. DNA-ligase er et enzym, der anvendes i molekylærbiologi til at forbinde to tilstødende DNA-tråde ved at danne nye bindinger. Trinet er kendt som ligering, og i henhold til typen af DNA-ende ligeret kan de betegnes som stump ende ligering og klæbrig ende ligering. Hovedforskellen mellem stump og klæbrig endeligering er, at ligering med stump ende forekommer mellem DNA-fragmenter, der indeholder to stumpe ender, hvorimod klæbrig endeligering forekommer mellem 5 'og 3' udhæng. Sammenlignet med stump ende ligering er klæbrig ende ligering mere effektiv og stabil.
INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er stump ende-ligering
3. Hvad er klæbrig ende-ligering
4. Sammenligning side om side - Stump vs liggende ende-ligering
5. Oversigt
Hvad er en stump ende ligering?
Nogle restriktionsendonukleaser kan skære DNA'et på de modsatte baser og producere stumpe DNA-fragmenter. Disse enzymer er kendt som stumpe endeskærere; de spalter lige ned til midten af restriktionsstedet uden at efterlade enkeltstrengede udhængende baser. Stumpe ender er også kendt som ikke-overhængende ender, da de ikke har 3 'og 5' overhængende baser i enderne. Begge tråde slutter fra basispar i stumpe ender. Almindelige stumpende skæreenzymer er EcoRV HaeIII, Alul og Smal.
Stump ende ligering er involveret mellem to stump ender. Det er ikke en ligering af fremspringende baser. Denne ligering er mindre effektiv end klæbrig endeligering. I nogle tilfælde bliver stump ende ligering imidlertid mere fordelagtig end klæbrig ende ligering, især når ligering af PCR produkter. PCR-produkter produceres altid med stumpe ender. Ligering af stump ende kræver ikke komplementære ender i DNA'et til ligering.
Figur 01: Stump slutproduktion med Eco RV-enzym
Hvad er en Sticky End Ligation?
Nogle restriktionsendonukleaser er i stand til at skære dsDNA, hvilket efterlader et overhængende stykke enkeltstrenget DNA i slutningen. Disse ender er kendt som klæbrige eller overhængende ender. Klæbrig ende ligering forekommer mellem to DNA-fragmenter, der indeholder matchende udhæng, fordi klæbrige ender er besat med ikke-parrede baser og kræver komplementære baser for at danne bindinger. Derfor er det nødvendigt at anvende det samme restriktionsenzym til begge kilder til DNA for at producere de matchende ligeringsfragmenter.
Klæbrig endeligering er mere effektiv og er ofte meget ønskelig i kloningsprocesser. Der er flere restriktionsenzymer, der producerer klæbrige ender. De er EcoRI, BamHI, HindIII osv.
Figur 02: Sticky slutproduktion med Eco RI enzym
Hvad er forskellen mellem Blunt og Sticky End Ligation?
Diff artikel midt foran bordet
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Ligation med stump ende forekommer mellem to DNA-fragmenter med stump ende. | Klæbrig ende ligering forekommer mellem to matchende DNA-fragmenter med klæbrige ender. |
| Enzymer | |
| Stumpe fræsere producerer stumpe ender. | Sticky endeskærere producerer klæbrige eller sammenhængende ender. |
| Krav om matchende ender | |
| Det kræver ikke matchende fragmenter eller supplerende baser. | Det kræver komplementære baser i enderne for at danne basepar. |
| Effektivitet | |
| Det er mindre effektivt end klæbrig endeligering | Det er mere effektivt end stump ende ligering. |
Resumé - Blunt vs Sticky End Ligation
Restriktionsendonukleaser er i stand til at spalte dsDNA og producere DNA-fragmenter med forskellige ender. De genkender specifikke sekvenser og begrænser DNA, der skaber klæbrige og stumpe ender. Klæbrige ender har ikke parrede baser i slutningen af fragmenterne. Stumpe ender oprettes på grund af en lige spaltning, og de har basepar i enderne. Klæbrig endeligering kræver to komplementære enkeltstrengede DNA-stykker. Ligation med stump ende forekommer mellem to fragmenter med stump ende. Dette er forskellen mellem stump og klæbrig ligering.
