Hovedforskellen mellem bakterielle endosporer og svampesporer er den cellulære organisering af de to typer sporer. Bakterielle endosporer er sovende strukturer, der findes i prokaryote bakterier. Svampesporer er reproduktive strukturer til stede i eukaryote svampe.
Bakterielle endosporer er til stede i bakteriecellerne, og de er sovende strukturer, der kan overleve de barske miljøforhold. Derfor spiser disse endosporer, når de passende miljøbetingelser bliver opfyldt. I modsætning hertil er svampesporer exosporer, der frigøres til det udvendige til sporulation.
