Nøgleforskel - Bakterielle transposaser vs retrovirale integraser
Det transportable genetiske materiale har udviklet sig med to hovedstrategier for at bevæge sig fra en region til den næste region inden i og mellem genomerne. En metode er at fortrænge gennem et RNA-molekyle inden dannelsen af et DNA-molekyle, mens den anden vej involverer DNA-mellemprodukter. Transposaser og virale integraser er eksempler på sådant transponerbart genetisk materiale. Bakterielle transposaser binder sig til slutningen af transposoner og letter katalysen af transposonbevægelsen til en anden del af genomet gennem forskellige mekanismer. Retrovirale integraser er enzymer, der hjælper med integrationen af det genetiske materiale af retrovirus, såsom HIV, i det genetiske materiale (DNA) i den værtscelle, det inficerer. Dette er nøgleforskellen mellem bakterietransposaser og retrovirale integraser.
INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er bakterielle
transposaser 3. Hvad er retrovirale integraser
4. Ligheder mellem bakterielle transposaser og retrovirale integrationer
5. Sammenligning side om side - Bakterielle transposaser vs Retrovirale integrationer i tabelform
6. Resumé
Hvad er bakterietransposaser?
Transposase kan defineres som et enzym bundet til slutningen af transposoner, der letter katalysen af transposonbevægelsen til en anden del af genomet gennem forskellige mekanismer. Sådanne mekanismer inkluderer 'klip og sæt ind mekanisme' og 'replikativ transpositionsmekanisme'. Transposase blev først introduceret gennem kloning af enzymet, som er nødvendigt til transposition af Tn3-transposon. To vigtige strategier er blevet anvendt af de transponerbare genetiske elementer til forskydning mellem genomer eller fra et sted til et andet. Transporten gennem et mellemprodukt af RNA før syntesen af en DNA-kopi er en strategi, mens den anden er bundet til DNA-mellemprodukter alene. Rekombinationsreaktionerne, der er involveret i integrationen af begge elementer, finder sted på grund af grundspecifikke enzymer. Dermed,i et tilfælde af DNA-elementer er disse enzymer kendt som transposaser, mens de i en forekomst af RNA-elementer er kendt som integraser.
Når man sammenligner forskellene mellem begge transponeringsstrategierne, synes processen med indsættelse at være identisk kemisk. Men nyere bevis tyder på, at visse ligheder i integrationsmekanismen ses i regionerne med aminosyresekvenser, der danner et aktivt sted; DDE-motivet. Fem familier af transposaser klassificeres på nuværende tidspunkt, men antallet af familier er endnu ikke steget med nye transposase-tegn. Familierne inkluderer DDE-transposase, Tyrosin (Y) -transposase, Serin (S) -transposase, Rullende cirkeltransposase, Omvendte transkriptaser / endonukleaser (RT / En) osv. Disse familier anvender unikke katalytiske mekanismer til nedbrydning og sammenføjning af DNA. DDE-transposasen involverer i klippe- og pasta-mekanismen for det originale transposon og bærer tre sæt konserverede aminosyrer, nemlig;aspartat (D), aspartat (D) og glutamat (E). Tyrosintransposaser involverer også i klippe- og pasta-mekanismen ved anvendelse af tyrosinrest, som er stedsspecifik.
Figur 01: Bakterielle transposaser
Serintransposaser involverer et mellemprodukt af cirkulært DNA og udfører klippe- og pasta-mekanismen ligesom ovenfor familier. Den rullende cirkeltransposase involverer i kopieringsmekanismen, hvor en enkelt streng kopieres direkte til målstedet gennem DNA-replikation. Dette sikrer, at skabelonstrengen og den kopierede streng har en streng, som er nyligt syntetiseret. Den omvendte transkriptase / endonukleasetransposase har forskellige mekanismer til transposition.
Hvad er retrovirale integraser?
I forbindelse med Retroviral Integrase betragtes det som et retroviralt enzym, der hjælper med integrationen af det genetiske materiale af retrovirus, såsom HIV, i det genetiske materiale (DNA) i den celle, der er inficeret. Disse retrovirale integraser bliver ofte forvekslet med fagintegraser. Eksempler på fagintegraser er λ-fagintegrase. Men disse er helt forskellige enzymer og bør ikke forveksles med. Med hensyn til dannelsen af retroviralt præintegrationskompleks spiller retroviral integrase en vigtig rolle. Retrovirale integrase-proteiner består typisk af tre (03) kanoniske domæner. Disse domæner er forbundet med fleksible linkere.
De tre domæner inkluderer et N-terminal zinkbindende domæne, hvor tre spiralformede bundter er forbundet og stabiliseret gennem koordinering med involvering af et Zn 2+kation, et RNase H fold katalytisk kerne domæne og et C terminal DNA bindende domæne, som er en SH3 fold. Ved undersøgelse og gennem biokemisk og strukturel information antyder det, at retroviral integrase har evnen til at fungere som en dimer af dæmpere (tetramer). I sammenhæng med multimerisering og viral DNA-binding er alle tre domæner af det retrovirale integrase-protein. Den vigtigste funktion af retroviral integrase er at indsætte dets genetiske materiale til værts-DNA. Dette trin er det mest afgørende trin i viral replikation af HIV-virus. Når den er integreret med succes, vil den være der i det kromosomale DNA i cellen resten af dens levetid.
Figur 02: Retrovirale integrationer
Derfor, når den er integreret, er der ingen retur for cellen. Disse retrovirale integraser involverer i katalysering af to hovedreaktioner inklusive 3'-endebehandling og kovalent ligering. Under 3'-endebehandlingen fjernes 2-3 nukleotider fra begge 3'-enderne af det virale DNA med den hensigt at afsløre CA-dinukleotiderne i 3'-enderne af det virale DNA, og under kovalent ligering er de behandlede 3'-ender af viralt DNA ligeres kovalent i det kromosomale værts-DNA.
Hvad er ligheden mellem bakterietransposaser og retrovirale integraser?
Både bakterietransposaser og retrovirale integraser har lignende aminosyresekvenser
Hvad er forskellen mellem bakterielle transposaser og retrovirale integraser?
Diff artikel midt foran bordet
Bakterielle transposaser vs retrovirale integraser |
|
| Bakteriel transposase er et enzym bundet til enden af transposoner, mens det letter katalysen af transposonbevægelsen til en anden del af genomet gennem forskellige mekanismer. | Retrovirale integraser betragtes som et retroviralt enzym, der hjælper med integrationen af det genetiske materiale af retrovirus, såsom HIV, i det genetiske materiale (DNA) i den celle, der er inficeret. |
| Bindende regioner | |
| Højspecifikke bindingsregioner er nødvendige for bakterielle transposaser. | Mindre eller ingen nukleotidsekvens er nødvendig til binding. |
Resumé - Bakterielle transposaser vs retrovirale integraser
Bakterielle transposaser betragtes som et retroviralt enzym, der hjælper med integrationen af det genetiske materiale af retrovirus, såsom HIV, i det genetiske materiale (DNA) i den celle, der er inficeret. To vigtige strategier er blevet anvendt af de transponerbare genetiske elementer til forskydning mellem genomer eller fra et sted til et andet. Fem familier af transposaser klassificeres på nuværende tidspunkt, men antallet af familier er endnu ikke steget med nye transposase-tegn. Retroviral integrase, betragtes det som et retroviralt enzym, der hjælper med integrationen af det genetiske materiale af retrovirus såsom HIV i det genetiske materiale (DNA) i den celle, der er inficeret. Retrovirale integrase-proteiner består typisk af tre (03) kanoniske domæner. Den største funktion af retroviral integrase er at indsætte dets genetiske materiale til værts-DNA. Dette trin er det mest afgørende trin i viral replikation af HIV-virus. Derfor, når den er integreret, er der ingen retur for cellen. Dette er forskellen mellem bakterielle transposaser og retroviral integrase.
Download PDF'en af bakterielle transposaser vs retrovirale integraser
Du kan downloade PDF-versionen af denne artikel og bruge den til offlineformål som pr. Citatnote. Download venligst PDF-versionen her: Forskellen mellem bakterielle transposaser og retrovirale integraser
