Hovedforskellen mellem acetyl CoA og acyl CoA er, at acetyl CoA (eller acetylcoenzym A) hjælper med protein-, kulhydrat- og lipidmetabolisme, hvorimod acyl CoA (eller acylcoenzym A) hjælper med metabolismen af fedtsyrer.
Acetyl CoA er meget nyttigt til afgivelse af acetylgruppen til Krebs-cyklussen til energiproduktion. En acetylgruppe er en funktionel gruppe med den kemiske formel -C (O) CH 3. En acylgruppe er også en funktionel gruppe med den kemiske formel –C (O) R, hvor R-gruppen er en fedtsyresidekæde. Det er nyttigt ved produktion af energi via omdannelse til acetyl CoA.
