Hovedforskellen mellem medicinsk kemi og farmaceutisk kemi er, at medicinsk kemi beskæftiger sig med design, optimering og udvikling af nye kemiske forbindelser til at bruge dem som lægemidler, mens farmaceutisk kemi beskæftiger sig med undersøgelse af lægemidler og deres udvikling.
Både medicinsk kemi og farmaceutisk kemi beskæftiger sig med de lægemidler eller medicin, vi bruger til behandling af forskellige sygdomme. Begge disse felter diskuterer design og udvikling af lægemidler med meget små forskelle. En sådan forskel er, at medicinsk kemi studerer ikke kun stoffer, men også virkningsmekanismerne for disse lægemidler inde i vores krop.
