Hovedforskellen mellem nefridia og malpighian tubuli afhænger af deres forekomst i organismer. Nephridia er til stede i lavere organismer såsom orme og bløddyr, mens de malpighiske tubuli er til stede i de bageste regioner af insekter og jordbundsdyr.
Udskillelse er et vigtigt aspekt af levende organismer. Metaboliske veje genererer forskellige udskillelsesprodukter som biprodukter. Opsamling af affald i et levende kropssystem er imidlertid giftigt og skadeligt. Derfor er tilstedeværelsen af en mekanisme til at fjerne metabolisk affald fra kroppen gennem et system med udskillelse et must. Derfor er forskellige typer udskillelsesorganer til stede i forskellige grupper af organismer. Nephridia og malpighian tubuli er to eksempler på sådanne udskillelsesorganer.
