Hovedforskellen mellem allogen og autolog transplantation afhænger af kilden til stamcellerne til transplantation. Allogen transplantation bruger nye stamceller fra en anden donor, mens autolog transplantation bruger patientens egne stamceller.
Stamceller er udifferentierede celler, der kan opdele og differentiere sig i forskellige andre typer celler. Derfor har disse celler evnen til selvfornyelse. Derfor er de grundlaget for vores organer og væv. Desuden fungerer de som et reparationssystem for vores krop. Da stamcellerne er i stand til at producere flere datterceller af samme type eller differentierer til specifikke celletyper, anvendes de i stamcelleterapier til at erstatte funktionsfejl eller syge væv med sunde væv. Stamcellebehandling kan være enten allogen eller autolog. Det afhænger af de nye stamceller, der bruges til at erstatte vævet under transplantation. I stamcelleterapi, hvis de anvendte stamceller er patientens egne, er det kendt som en autolog transplantation. Men hvis det er fra en anden donor, kaldes det allogen transplantation.
