Hovedforskellen mellem transformation og transduktion er, at transformation er en mekanisme, der ændrer det genetiske materiale af bakterier ved direkte optagelse af eksogent genetisk materiale fra dets omgivelser gennem cellemembranen og inkorporering af det i genomet, mens transduktion er injektion af fremmed DNA ved hjælp af en bakteriofagvirus ind i værtsbakterien.
Konjugering er en velkendt metode til DNA-rekombination, som kan findes i både eukaryoter og prokaryoter. Forskere har opdaget, at det er muligt at overføre DNA fra en bakteriecelle til en anden ved hjælp af to andre mekanismer: transformation og transduktion. Svarende til konjugering overfører disse to mekanismer DNA i en retning, og rekombination finder sted mellem alleler i homologe DNA-regioner. Begge mekanismer overfører meget få mængder DNA og overfører ikke hele cellekromosomet.
