Hovedforskellen mellem mitokondrier og kinetoplast er, at mitokondrier er eukaryote celleorganeller, der producerer energi (ATP). I mellemtiden er kinetoplast et netværk af cirkulært DNA til stede inde i en stor mitokondrion, specifikt i protozoer af klassen Kinetoplastea.
Eukaryote celler har forskellige typer celleorganeller. Disse forskellige organeller udfører forskellige funktioner i den levende celle. Af disse er mitokondrier en af de membranbundne organeller, der ses i en eukaryot celle. De er de organeller, der er ansvarlige for energiproduktion (i form af ATP) i celler. Derfor betragtes de som kraftceller i cellen. Mitokondrier har deres eget genom, som er cirkulært DNA nedarvet modent. Kinetoplast er netværket af cirkulært DNA set i den store mitokondrion af organismerne, der tilhører klasse Kinetoplastida. Derfor ses kinetoplaster kun i dette eukaryote underdomæne.
