Hovedforskellen mellem synthon og syntetisk ækvivalent er, at synthon er en del af en kemisk forbindelse, der kan dannes ved en kendt syntetisk proces, hvorimod syntetisk ækvivalent er et reagens, der udfører funktionen af en synthon.
Udtrykkene synthon og syntetisk ækvivalent kommer under grenen af retrosyntetisk analyse. Det er en teknik, der er nyttig til at løse de problemer, der opstår under planlægningen af en organisk synteseproces. I denne analyseteknik er vi nødt til at omdanne et målmolekyle til en simpel struktur uden virkningen af et reagenss interaktion. Nogle gange bruger vi udtrykkene synthon og syntetisk ækvivalent om hinanden, men de er to forskellige komponenter.
