Hovedforskellen mellem Pagets sygdom og eksem er, at Pagets sygdom er en fokal lidelse af knoglemodellering, og eksem er en inflammatorisk tilstand i huden, der er kendetegnet ved grupper af vesikulære læsioner med variabel grad af ekssudater og skalering.
Pagets sygdom opstår på grund af mutationer i visse gener, såsom nuklear faktor kappa B, sequestosom p62 og osteoprotegerin. På den anden side opstår eksem som et resultat af overfølsomhedsreaktioner monteret mod forskellige allergener. Denne forskel i patogenese er den væsentligste forskel mellem de to sygdomme.