Hovedforskellen mellem Iso og Sec i organisk kemi er, at vi bruger udtrykket iso til at navngive en organisk forbindelse, der indeholder alle carbonatomer undtagen en fra en kontinuerlig kæde, mens vi bruger udtrykket sec til at identificere en funktionel gruppe, der er bundet til et sekundært carbon atom.
Der er mange præfikser i organisk kemi, som vi bruger til at identificere de grupper, der findes i forbindelser, og til at navngive organiske molekyler for at skelne dem fra hinanden. Desuden kan et bedre nomenklatur-system også navngive et meget komplekst molekyle. Eks: IUPAC-nomenklatur er det bedste nomenklatur-system, der giver hver eneste detalje om strukturen af en kemisk forbindelse.