Hovedforskellen mellem motiv og domæne er, at motivet ikke er uafhængigt stabilt, mens domænet er uafhængigt stabilt.
Proteiner er vigtige biologiske makromolekyler, der findes i vores krop. På den anden side bestemmer genet for et gen aminosyresekvensen for et protein. Desuden har proteiner primære, sekundære og tertiære strukturer. Den primære struktur er aminosyresekvensen i polypeptidkæden. Når polypeptidkæder foldes med hinanden, danner det proteinets sekundære struktur. Alpha-helices, beta-ark og supersekundære strukturer hører til de sekundære strukturer. Visse grupperinger af super-sekundære elementer er kendt som proteinmotiver. Den tertiære struktur af et protein refererer til dets tredimensionelle struktur, der bestemmer proteinets funktion. Domæne er et foldet afsnit af et proteinmolekyle, som er kugleformet og har en diskret funktion. Det er den grundlæggende funktionelle og tredimensionelle struktur af proteinet.
