Hovedforskellen mellem kolonisering og infektion er, at kolonisering er processen med at etablere mikroben i kropsvævet, mens infektion er processen med at invadere kropsvæv af mikroben for at forårsage sygdommens symptomer.
Mikrobernes patogenicitet er en komplet biokemisk og strukturel proces, der defineres af den komplette mekanisme, hvor mikroorganismen forårsager sygdommen. F.eks. Kan patogeniciteten af bakterier være forbundet med forskellige komponenter i bakteriecellen, såsom kapsel, fimbriae, lipopolysaccharider (LPS) og andre cellevægskomponenter. Vi kan også forbinde det med den aktive sekretion af stoffer, der beskadiger værtsvævene eller beskytter bakterierne mod værtsforsvar. Kolonisering og infektion er to udtryk i mikrobiel patogenicitet. Den første fase af den mikrobielle patogenicitet er kolonisering. Det er kendt som den korrekte etablering af patogenet i værtsvævene. Tværtimod er infektion patogenens invasion af kropsvæv for at forårsage sygdommen.
